Простота - защита от ошибок
Простой скрипт получения новых данных позволит избежать множество непонятно откуда взявшихся ошибок. Напишите свой, или попросите коллег поделится их наработками. Но помните, простой - не значит глупый и дырявый.
Используйте GZip
Если объёмы передаваемой информации предполагаются не маленькими - то используйте сжатие, это позволит сократить время работы скрипта, за счёт снижения времени передачи данных. В этом вам поможет эта страничка.
Планируйте разработку
Нельзя с кондачка написать серьёзное приложение. Больше планируйте, расчертите и продумайте всё что можно. Лучше, если вы это будете делать не в голове, а на бумаге, или в любом редакторе. Хорошее планирование спасает от огромного числа ошибок и от ненужной работы.
Пользуйтесь стандартами
Совершенно нет нужды изобретать велосипед. Используйте то, что дают вам стандарты в разработке Ajax-приложений. Среди них, к примеру, XML, HTML, XHTML, JSON, UED.
Проверяйте входящие данные
В этом плане вполне можно быть маньяком, не доверяя никому, кроме себя. Проверять необходимо моментально, благо скриптов моментальной проверки, к примеру, форм, сейчас море. Проверка на "месте" экономит время пользователя и ваше, как разработчика.
Проверяйте входящие данные и на сервере
Помните про маньяка? Вот и не доверяйте проверке на стороне клиента - в обязательном порядке проверьте и на стороне сервера. Не стесняйтесь указать пользователю, что он ошибся там и там.
Используйте SSL для приватной информации
Если вы оперируете с приватной информацией, то в обязательно порядке применяйте SSL - это позволит сохранить приватность и будущем не краснеть перед пользователями.
Фреймворки
Не изобретайте велосипед (хотя если вы только учитесь - изобретайте, это крайне полезно для развития вас - как специалиста) - до вас уже давным давно написали практически всё что можно. Используйте фреймворки для экономии времени разработки. Только без фанатизма.
Сначала базовый функционал
Во время разработки приложения (особенно если вы пишете его для себя), нередко возникают ситуации, когда на лету рождается идея для вашего приложения. Не торопитесь её реализовывать - аккуратно запишите её, и допишите то, что вы распланировали согласно пункту за номером 3. Позже, когда всё будет готово, соберите все идеи воедино, и снова распланируйте, как вы будете их внедрять.