Сапельников является носителем государственных секретов 1-й категории, и покидать пределы России может только с разрешения работодателя. Но такого разрешения получено не было. После того как стало известно об отъезде Сапельникова, его лишили допуска на работу, отключили от баз и сменили пароли.
20 сентября, по информации "Известий", глава Росреестра Наталья Антипина получила запрос от министра экономического развития Алексея Улюкаева в течение трех дней подготовить представление об увольнении Сапельникова, а несколько дней назад глава Минэкономразвития уже подписал этот приказ.
В июне 2013 г. аудиторы Счетной палаты посчитали, что более половины из 42,3 млрд руб., выделенных на создание системы кадастрового учета в Росреестре, потрачены с нарушениями закона. Основные претензии вызвали ИТ-проекты, которые курировал Сергей Сапельников.
Общий вывод аудиторов о системе государственного кадастрового учета объектов недвижимости на всей территории России заключается в том, что она не создана. Как не произошло и внедрение автоматизированной информационной системы государственного кадастра недвижимости (АИС ГКН).
Выводы Счетной палаты расходятся с мнением Минкомсвязи. В начале 2013 г. министр Николай Никифоров на встрече с председателем правительства Дмитрием Медведевым заявил, что 64% проходящих через систему межведомственного электронного взаимодействия (СМЭВ) запросов - это данные Росреестра: "Настолько велика роль этой организации в информационных потоках, которые сегодня есть в органах власти".